دبیر جدید شورای عالی امنیت ملی، پس از جنگ جانشین فرمانده نیروی دریایی سپاه شد؛ یعنی جانشین علی شمخانی فرمانده وقت این نیرو. آنها تا سال ۱۳۷۶ و زمانی که شمخانی برای تصدی وزارت دفاع به کابینه محمد خاتمی رفت، با یکدیگر همکار بودند. در آن سال، احمدیان با حکم رهبری به فرماندهی نیروی دریایی سپاه منصوب شد. احمدیان تا تابستان ۱۳۷۹ در همین مسوولیت ماند و آن زمان تا سال ۱۳۸۶ رییس ستاد مشترک سپاه پاسداران شد.