علیاصغر فانی درباره مدارس مسجدمحور نوشت: با توجه به نفوذ امام جماعت بعضی از مدارس، آموزش و پرورش توان نظارت بر امور مدارس مذکور را نخواهد داشت. این احتمال وجود دارد که مدارس مسجدمحور برخی از مواد آموزشی را نافع تشخیص ندهند و بالطبع به آن موارد درسی کمتوجهی شود؛ در نتیجه به اهداف دورهها و پایهها نخواهیم رسید.