یکی از مهمترین کشمکشها میان اطلاعات سپاه و وزارت اطلاعات، ماجرای مشهور به فعالان محیطزیستی بود. بهمن ۱۳۹۶ بود که هفت فعال محیطزیستی بازداشت شدند؛ در ابتدای کار از نهاد بازداشتکننده خبری در دست نبود، اما پس از مدتی معلوم شد که آن نهاد، سازمان اطلاعات سپاه است. در همان زمستان بازداشتها ادامه یافتند و تعداد دیگری از این فعالان توسط اطلاعات سپاه بازداشت شدند.